請求先企業が複数の請求金額を合算して振り込んできました。 一つの入金データに対して複数の請求書消し込むことは可能でしょうか？

一つの入金データに対して複数の請求書を消し込むことは可能です。

方法といたしましては「消込」の項目から「手動消込」をご選択いただきます。
消し込む複数の請求書データを表示させ、チェックボックスにチェックを入れていただき、
合算して振込が行われた対象の入金データをご選択していただき消込処理を実行していただきます。