一度「未収」ステータスとなった決済期限日を過ぎた請求でも、金融機関から取得した自動消込可能な入金データがある場合には「完了」へ更新されますでしょうか？

自動消込可能なデータがある場合は更新がされます。

未収の請求書を自動消込対象とする場合、請求元設定の「決済期限を過ぎた請求書」＝「自動消込の対象とする」とし、入金インポート時に「消込ステータス＝未収の請求書を自動消込の対象とする」を選択していただくと自動消込されます。